Durante 2009 se llevaron a cabo diversas iniciativas encaminadas a modernizar el Tribunal. Así, se ha marcado el objetivo de "papel cero" con la implantación del expediente digital y la notificación telemática de las resoluciones con el sistema Lexnet. Además, la Audiencia ha servido de proyecto piloto para la implantación de la Nueva Oficina Judicial.
En otra medida dirigida a mejorar el funcionamiento y organización de la institución, la Sala de Gobierno aprobó unas nuevas normas de reparto para hacerlas más comprensibles para el ciudadano, así como para clarificar algunos aspectos de las normas anteriores y darles mayor automatismo.
También se ha convertido en prioridad del Presidente dotar a la institución de una sede que reúna las características de amplitud y espacio acorde con su naturaleza y la importancia que tiene dentro de la justicia española.
Por otra parte, en la Memoria se ponen de manifiesto algunas de las carencias de la Audiencia Nacional en lo relativo a los servicios de traducción e interpretación, el servicio de reprografía o la elevada movilidad de los funcionarios.