El nuevo presidente de la Audiencia Provincial de Madrid ingresó en la carrera judicial en 1989, siendo sus primeros destinos como juez los juzgados de primera instancia e instrucción de Astorga (León) y Santoña (Cantabria). Ascendió a magistrado en 1992, sirviendo en esta categoría los juzgados de instrucción 8 de Barcelona, de primera instancia 12 y 14 de Bilbao. En 1998 fue elegido Magistrado-Juez Decano de Bilbao.
En 2001 fue nombrado Vocal del Consejo General del Poder Judicial, cargo en el que permaneció hasta 2008, habiendo formado parte de las Comisiones Permanente y Disciplinaria. Tras su paso por el CGPJ, Juan Pablo González pasó a desempeñar el puesto de magistrado de la Audiencia Provincial de Vizcaya y en 2011 el de magistrado de la Audiencia Provincial de Madrid.
Ejerció en comisión de servicios como magistrado-juez central de Instrucción 3 y magistrado de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional, regresando con posterioridad a su destino actual como magistrado de la Audiencia Provincial de Madrid.
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